Если после обновления программы Магистр-Контроль возникла ошибка "Разрушен файл системных настроек".

Вам достаточно повторно установить программу Магистр-Контроль поверх предыдущей версии в ту же папку.
Скачать установочный файл можно по ссылке: https://www.sigma-soft.ru/download/install.shtml?prog=cnt