Если Ваша ЭП имеет вид шести файлов с расширением *.key в общей папке, установка данной подписи несколько отличается от стандартного способа.
Для отображения подписи в КриптоПро CSP, Вам необходимо перенести эту папку целиком на USB-накопитель.
После этого проверьте отображение файлов в КриптоПро CSP. 
Для этого откройте программу КриптоПро CSP, затем перейдите на вкладку «Сервис» - «Просмотреть сертификаты в контейнере».
Далее нажмите кнопку «Обзор». Откроется окно выбора контейнера. При корректном отображении файлов в списке появится строка с электронной подписью.

(с) ООО "Сигма-Софт"