Если после отправки первоначального комплекта в программе ЭД.Сигма-Софт.РФ Вы получили ошибку о некорректно проставленных признаках документов:

Вам необходимо, находясь в основном списке ДТ в разделе "История сообщений" (в нижней части экрана), нажать правой кнопкой мыши по сообщению "Информация о некорректно проставленных признаках документов" и выбрать пункт "Внести изменения по реестру".

(См. изображение ниже)

Программа самостоятельно проанализирует ошибки и исправит признаки согласно поступившему протоколу ошибок. 
После этого Вам необходимо еще раз подать первоначальный комплект документов.